Han pasado dos años. Con la destrucción de la Allspark, Cybertron se ha vuelto inhabitable y los Autobots sobreviven en la Tierra trabajando con el ejército en un equipo secreto llamado NEST, cuya finalidad es atrapar a todo Decepticon en la Tierra. Sam de pronto tiene visiones en su cerebro: sólo él tiene la clave de un gran poder. Con la ayuda de los Autobots, Sam y Mikaela tendrán que descubrir la historia de los Transformers en la Tierra y cómo salvarla de esta amenaza.